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Vous êtes-vous déjà demandé comment un zèbre forme ses rayures ? Ou encore comment, à partir de quelques cellules, une plante ou un animal acquiert sa forme bien particulière ? Lorsqu’un organisme croît, différents gènes sont exprimés dans différents endroits, ce qui affecte le développement. Mais comment ? Qu’est-ce qui contrôle la forme d’un organisme en développement ? Comment les changements de forme et de taille d’un organisme en croissance affectent-ils les domaines d’expression des gènes dans l’espace et le temps ?

Les progrès récents en biologie moléculaire, imagerie en 2 et 3 dimensions, et technologie informatique permettent à présent d’étudier ces questions.

Dans notre laboratoire, nous utilisons une combinaison de travail expérimental (e.g. microscopie à fluorescence), outils informatiques (e.g. traitement d’image) et modélisation pour étudier les mécanismes de la morphogenèse.

Nous sommes plus particulièrement intéressés par les mécanismes qui coordonnent la croissance des tissus avec la formation de réseaux branchés ou réticulés, et utilisons comme principaux systèmes d’étude les feuilles de la plante Arabidopsis thaliana et les nageoires du poisson-zèbre (Danio rerio). Les applications à long terme incluent 1) l'horticulture et l'amélioration des plantes, car le système vasculaire est fortement relié à la morphologie et la biomasse des plantes, et 2) la médecine régénérative, puisque le poisson zèbre est utilisé pour explorer les mécanismes fondamentaux de croissance et de régénération des os.

Quelques exemples de projets représentatifs sont listés ci-dessous.

Quantifier les patrons de croissance des feuilles

Nous avons développé une méthodologie pour décrire les patrons de croissance à la surface tridimensionnelle des feuilles (Remmler et Rolland-Lagan, 2012), en calculant le déplacement de microparticules fluorescentes appliquées à la surface de multiples échantillons au cours de leur croissance.




Analyse in vivo de la formation des motifs de nervures foliaires

En suivant et quantifiant la formation des nervures foliaires in vivo chez des plantes transgéniques d’Arabidopsis thaliana ayant une vasculature fluorescente, nous pouvons étudier le lien entre les processus de croissance et les processus de formation de motifs vasculaires.




Modèles de formation des rayons osseux des nageoires

Les nageoires des poissons téléostéens peuvent se régénérer à la suite d’une amputation partielle. Nous avons proposé un modèle de simulation, basé sur des interactions hypothétiques entre trois morphogènes, qui semble compatible avec le contrôle de la croissance osseuse et l’espacement des joints au cours du développement et la régénération (Rolland-Lagan et al., 2012). En particulier, le modèle permet d’expliquer comment une nageoire amputée regagne sa forme lors de la régénération. Nous avons aussi testé le modèle en quantifiant les motifs des rayons osseux au cours de la croissance et la régénération (voir projet suivant).




Descriptions quantitatives des motifs de rayons osseux

Nous avons développé un logiciel pour l’analyse quantitative des motifs de rayons osseux. Pour illustrer le genre de données que l’on obtient, cette image montre une nageoire ‘probable’, calculée à partir de quinze images de nageoires au même stade de développement (les trois nageoires représentent trois types de données extraites sous forme de motifs quantifiés). A l’aide du logiciel, nous pouvons quantifier la croissance osseuse et les motifs des rayons osseux (i.e. position des joints et bifurcations) au cours du développement et de la régénération. Les données obtenues peuvent être utilisées pour tester et peaufiner des modèles de développement des nageoires (voir projet précédent).




Variation morphologique des nageoires

Maintenant que nous avons les bases d’un modèle du contrôle des motifs des rayons osseux, nous pouvons explorer l’effet de la variation des paramètres du modèle sur la forme des nageoires et l’espacement des joints. En particulier, le modèle peut faire des prédictions de motifs de joints pour différentes formes de nageoires. Nous pouvons ainsi combiner travail expérimental et simulations pour proposer des mécanismes déterminant la variation morphologique des nageoires, entre différentes nageoires chez un même poisson ou entre espèces.